Несколько веков подряд клан Ига был главной силой организации ниндзя. В
других частях Японии существовали меньшие группы, поскольку в эпоху
Сингоку они возникали по всей Японии. Внутри этих групп шпионов,
диверсантов и убийц развивались два суперклана - Ига в префектуре Миэ и
беспощадные Кога в префектуре Сига.
Интересно, что Сига расположена по соседству с Миэ. Ига и Кога населяли
один и тот же горный хребет, жили в двух долинах, разделенных горой.
Полностью изолированные от внешнего мира, они жили как крестьяне и
знали лекарственные растения, растущие в этой местности, умели
предсказывать погоду и занимались сельским хозяйством.
Со временем среди сегунов выделились великие военачальники, которые
постепенно объединили Японию, такие как Такеда Синген, Ода Нобунага и,
возможно, величайший военачальник в Японской истории, Токугава. Все они
использовали ниндзя для того, чтобы сохранить контроль над страной
посредством создания всеобщей шпионской сети.
В 1578 г. Нобунага воспылал пламенной ненавистью к Ига-ниндзя и послал
армию, чтобы наказать их. Когда армия достигла долины Ига, ниндзя
исчезли. Солдаты уничтожили урожай, сожгли дома и подожгли лес на горе.
На следующий год Нобунага послал в долину Ига восьмитысячную армию.
Ниндзя, которые прятались в горах, напали на солдат и выбили их из
долины. В 1581 г. Нобунага решил полностью уничтожить Ига, убив всех
мужчин, женщин и детей. На этот раз он послал 50 тысяч солдат в том
числе - ниндзя из других кланов. Ига сражались с 4 тысячами ниндзя в
течение месяца. Когда стало ясно, что одержать победу не удастся, Ига
рассеялись по всей Японии. Спустя несколько лет, однако, Ига
воссоединились, и небольшие группы были организованы во многих районах
страны.
Кога-ниндзя состояли из 53 семей. Они специализировались в медицине и в
области взрывчатых веществ, изобрели много приспособлений и видов
оружия, используемых ниндзя. Хотя Кога-ниндзя были весьма малочислены,
они являлись элитной силой и были вторым известнейшим кланом после Ига
в анналах ниндзя.